Kanal tedavisinde başarı sağlanamayan durumlar => Kanalın tıkalı olması, inatçı enfeksiyon varlığı, kanal tedavisi yenilenmiş olmasına rağmen iyileşmeyen dişler, kök kanallarında ulaşılamayan ekstra kanalların varlığı,  normal yollarla kanal tedavisi yapılamayan dişler vs

*Hastanın çeşitli sebeplerle kanal tedavisi seanslarına uyamayacağı durumlar

*Travma sonucu diş kökünün son üçlüsünde meydana kırıklarda kırık parçanın çıkarılıp dişin kurtarılabileceği vakalar

*Diş kökündeki lezyondan biopsi alınması gereken durumlar

*Altında daimi diş oluşmamış olan ancak kökünde lezyon olan süt dişlerinde uygulanır.

*Sebebi anlaşılamayan kanal tedavisi başarısızlıkları => Bu durumda apikal rezeksiyonda da başarısızlık olması ihtimaldir. Öncelikle başarısızlığın sebebi belirlenmelidir. anatomik farklılıklar, inatçı bakteriler vs sebep ne ise ona göre yaklaşmak gereklidir.

*Geleneksek kök kanal tedavisi yapılabilecek ise öncelik kanal tedavisidir.

Kanal tedavisi ve apikal rezeksiyonun bir arada yapılması => İlk defa yapılan bir kanal tedavisinde, sadece kanal tedavisi ve ya rezeksiyonla birlikte yapılan kanal tedavisinde, apikal rezeksiyon yapılmasının sadece kanal tedavisi yapılmasına bir üstünlüğü bulunmamaktadır.

*Anatomik oluşumların konumları

*Dişin kökünün kısa olması, özellikle zaten sallanması olan dişlerse sıkıntı oluşturacaktır.

*Sistemik hastalıklar gibi durumlarda uygulanmaz.